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单细胞测序技术服务 靶向lncRNA单细胞全转录组测序 单细胞全转录组测序 |
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生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
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RNA-蛋白相互作用 HyPro - MS CHIRP – MS RNA pull-down MS |
RNA-RNA/DNA相互作用 HyPro-seq/芯片 CHIRP-seq |
蛋白-RNA相互作用 AGO APP seq/芯片 RIP-RNA seq/芯片 |
蛋白-蛋白相互作用 CoIP-MS |
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NGS测序技术服务 R-loop 测序分析服务 |
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NGS测序技术服务 环状DNA测序 |
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基因芯片技术服务 Small RNA修饰芯片 m6A单碱基分辨率芯片 mRNA&lncRNA表观转录组芯片 circRNA表观转录组芯片 |
NGS测序技术服务 表观转录组学测序服务 RNA m6A甲基化测序（MeRIP Seq） |
LC-MS mRNA碱基修饰检测 tRNA碱基修饰检测 |
PCR技术服务 MeRIP-PCR技术服务 m6A绝对定量RT-PCR技术服务 m6A单碱基位点PCR（MazF酶切法）技术服务 |
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Ribo-seq Ribo seq |
核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC联合mRNA-seq |
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蛋白表达定量 Label free非标定量技术 TMT标记定量技术 PRM靶向定量 |
超级增强子lncRNA（SE-lncRNA）是一类由超级增强子区域转录而来的lncRNA。该lncRNA与超级增强子一起，调控特定细胞谱系发育和身份决定过程中的基因表达。SE-lncRNA与多种疾病有关，许多病理性表型都伴随着SE-lncRNA表达水平的显著变化。SE-lncRNA表达水平检测对于研究超级增强子活性、功能机制和疾病相关性都十分必需。Arraystar SE-lncRNA芯片可同时对SE-lncRNA以及受其调控的编码基因进行全面、系统的表达检测。Arraystar SE-lncRNA芯片目前包含人和小鼠两个版本。康成生物独家为您提供Arraystar公司超级增强子lncRNA芯片全程一站式技术服务。
Arraystar的SE-lncRNA芯片具有强大而可靠的SE-lncRNA收集与鉴定方法，该芯片的lncRNA信息来自Arraystar公司所专有的高质量的转录组与lncRNA数据库，超级增强子区域信息来自dbSUPER数据库，Mapping到超级增强子区域的lncRNA被鉴定为SE-lncRNA。
图1. Arraystar SE-lncRNA芯片内容收集流程图
该芯片可同时检测SE-lncRNA及其靶基因的表达水平，可直观、精确的找到二者之间的调控关系。针对特定的外显子或剪接区域设计探针，特异性的区分SE-lncRNA的不同isoform（图2）。灵敏度高，可检测到细胞中的单拷贝转录本。
图2.探针#2可特异性的检测isoform CCAT1-L
Arraystar的SE-lncRNA芯片提供超级增强子、超级增强子lncRNA与其靶基因的详尽注释信息。
图3.SE-lncRNA注释信息示例
超级增强子一般具有稳定性差、半衰期短的特点。它们能以极低的拷贝数发挥顺式作用，激活靶基因的表达。比如，SE-lncRNA HOTTIP可激活HOXA基因簇，其在细胞中的平均拷贝数少于1。
为了精确地检测这些瞬时、低水平的SE-lncRNA，Arraystar科学家开发了一套高效的线性扩增方法，能够为多聚腺苷化或非多聚腺苷化的转录本产生足量的荧光标记cRNA。在此过程中，将分别携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物以经过优化后的比例混合，与RNA一起退火，合成cDNA第一链，随后与5’接头一起退火，合成双链cDNA，然后进行PCR扩增。最后，由T7 RNA聚合酶进行体外转录，合成带有Cy3或Cy5标记的cRNA（图4）。
该标记方法极大的增加了低丰度或降解RNA分子的cRNA产物，比传统方法提高了100多倍。
图4. Arraystar公司 cRNA标记流程。(1) cDNA第一链合成与5’接头退火。 以携带有T7聚合酶启动子序列的oligo(dT)和随机引物混合物为反转引物，合成cDNA第一链，并与5’接头退火，合成cDNA第二链。(2) PCR扩增。使用RT引物和5’接头对双链cDNA进行低循环数的PCR扩增。(3) 体外转录和标记反义RNA (aRNA)。以Cy3或Cy5标记的核苷酸为底物，双链cDNA为模板，使用T7 RNA聚合酶进行体外转录，合成带有荧光标记的反义RNA。线性扩增保留了原始转录本的相对水平和完整序列，且无3’偏好性。
