单细胞测序技术服务 靶向单细胞测序(lncRNA&mRNA) 单细胞测序 |
生物分子凝聚体研究 HyPro靶RNA临近标记技术 |
NGS测序技术服务 R-loop 测序(DRIPc-seq) |
NGS测序技术服务 环状DNA测序(eccDNA测序) |
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核糖体-新生肽链复合物(RNC) RNC联合 circRNA芯片 RNC联合 lncRNA芯片 RNC-seq |
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CNS新热点:R-Loop 转录调控的主动参与者!
—— 全新推出DRIP-Seq,把握R-Loop研究的新方向!
R -loop是由转录的RNA链与打开的双链DNA其中一条链发生碱基互补配对,形成RNA-DNA杂合链,同时使未配对的另一条DNA链游离在外组成的三方结构。R -loop分布广泛,占哺乳动物基因组的 5%,经常出现在基因组的启动子CGI和转录终止位点。已有研究表明,R -loop在调节基因表达、DNA 复制以及 DNA 和组蛋白修饰等方面均发挥着重要作用,具有重要的生物学功能。
Nat Genetics (IF 38.33): Antisense lncRNA通过形成R-loop影响coding RNA转录
Antisense lncRNA是与coding RNA转录方向相反,转录位置部分重合的长链非编码RNA,通常可以顺式调控临近coding RNA的转录。2019年Nature Genetics发表的文章发现,antisense lncRNA TARID通过形成R-loop影响临近coding RNA TCF21启动子去甲基化,进而调控TCF21表达和癌症进程。
TCF21是与一种抑癌基因,在多种癌症中表达下调,它具有头对头反义lncRNA TARID(TCF21 antisense RNA inducing demethylation)。TARID转录过程会在TCF21启动子附近形成R-loop,被R-loop识别蛋白GADD45a结合,GADD45a进而招募去甲基化酶TET1,促进DNA去甲基化来增强TCF21转录,影响细胞周期。
Antisense lncRNA TARID通过形成R-loop调控TCF21启动子DNA去甲基化及转录
DRIP-seq全新发布!
DRIP-seq(DNA:RNA hybrid immunoprecipitation and sequencing)利用特异性识别DNA:RNA杂合链的S9.6抗体对包含R-loop结构的 DNA 链进行富集,后续通过DNA测序来实现 R-loop分析,侧重于通过NGS在基因组水平上检测R-loops结构的分布,并通过生物信息学分析在不同的领域从中挖掘出更多有用的信息。
DRIP-seq优势
严格的质控体系:设置阴性对照组和阳参,以控制文库质量。
稳定性高:实验操作稳定性高,减少实验操作带来的误差。
灵活度高:能够直接对有基因组信息的物种进行R-loop测序。
提供数据可视化,丰富的注释信息与文章发表级别的图谱